Los Científicosdel Team Rocket crean un Pokemon Llamado Mewtwo En Base del ADN de Mew Un Pokémon Legendario Luego Mewtwo Se Siente como la Sombra de mew y se revela contra los Científicos y luego contra su Jefe Giovanni.
Mew El Pokémon Legendario Se Despierta de su largo sueño y vuela hacia al horizonte para evitar la guerra que se acercaba.
Ash Junto a Brock y Misty Cuando van se presenta Una Tormenta pero ash Junto a los entrenadores Expertos Parte hacia la Isla Y Cuando Llegan se encuentran al Maligno Pokémon Mewtwo que queria Robar los Pokemon de los mejores entrenadores Para clonarlos por unos pokemones mas Fuertes.
El Team Rocket Descubre el centro de clonación Pokemon Por eso Jugaron un papel Importante en la Pelicula.
Mas Tarde Mewtwo Libera Una Batalla Con sus clones Empezando con Venusaur,Charizard,Blaistoise. Luego Llega Mew Y Compite contra Mewtwo y sus clones acompañado de los Pokemon Originales de los Entrenadores.
Luego De Pasar todo eso ash entra en el medio de un Ataque y queda hecho piedra mas tarde es revivido con las lagrimas de los Pokemon Pikachu Llorando Por Ash
Luego de Terminar la Batalla mew y mewtwo quedan en un Acuerdo y se van a un Lugar por que mewtwo entendio que los Pokemones se llavan Bien con los Humanos
Para Terminar Ash,Pikachu,Misty y Brock
Se Fueron a Seguir su Viaje Pokemon